痢疾阿米巴主要寄生於腸道，大部份感染者症狀不明顯，但痢疾阿米巴可能侵入宿主的腸壁組織，引發腸道症狀，輕微者腹部不適、間歇性下痢或便秘，重者伴隨發燒、寒顫、血便或黏液軟便，此外，也可能發生次發性腸外感染，其中以肝膿瘍（liver abscess）最為普遍，更甚者為肺膿瘍或腦膿瘍等。
因大部分感染者沒有症狀，故主要經由糞便檢驗，但因並非每次糞便都會出現痢疾阿米巴，故需於 7 天內進行連續三天，每天一次之新鮮糞便採集，又痢疾阿米巴之形態與腸道共生原蟲 E. dispar 相同，鏡檢不易區分，所以目前確認的方法是採聚合鏈連鎖反應（PCR）確認；此外，病例也可能因發生腸道或腸外之侵入性感染，可經由醫院病理組織切片檢驗確認。
抽血檢驗痢疾阿米巴的血清抗體反應，其檢驗陽性並不一定代表現階段感染，抽血僅能作為參考。糞便檢體鏡檢發現疑似痢疾阿米巴之囊體或活動體，則為疑似病例； 若糞便檢體鏡檢發現痢疾阿米巴活動體吞噬紅血球或糞便檢體經聚合鏈連鎖反應檢 驗陽性或經醫院病理組織切片檢驗發現痢疾阿米巴活動體者，則為確定病例。阿米巴痢疾目前是列為我國之法定傳染病，發現後需立即 24 小時內通報疾管局進一步確認。顯微鏡檢查陽性結果為下列腸道蠕蟲蟲卵或其他原蟲類如：人芽囊原蟲（Blastocystis hominis）、鞭毛原蟲類，纖毛原蟲類及孢子類，阿米巴原蟲類，如：疑似痢疾阿米巴原蟲（Entamoeba histolytica/dispar）、哈氏阿米巴（Entamoeba hartmanni）。
